Στην κορυφή Πάθενα και σε υψόμετρο 1520 μ. ανακαλύφθηκε νεκροταφείο των αρχαίων φύλων που κατοικούσαν την περιοχή.

Κατά τη νεολιθική περίοδο, νότια των Λουτρών Υπάτης, στις βόρειες πλαγιές της Οίτης, υπήρξε κατοίκηση στη Φουρνοσπηλιά που βρίσκεται σε υψόμετρο 240 μ.

Κατά την περίοδο της αρχαιότητας, στην ευρύτερη περιοχή κατοικούσαν οι φυλές των Δρυόπων και των Αινιάνων. Η φυλή των Δρυόπων απωθήθηκε από τους Δωριείς κατά την έλευση τους στην Ελλάδα, γύρω στο 1100 π.Χ., ενώ οι Αινιάνες συνέχισαν να εμφανίζονται στην ιστορία μέχρι και την Ρωμαϊκή κατάκτηση της περιοχής, το 146 π.Χ.

Στις αρχές του 5ου αιώνα π.Χ. η πόλη της Υπάτης αναφέρεται σαν επίσημη πρωτεύουσα των Αινιάνων και από τον Αριστοτέλη ως "Υπάτα" (υψηλή απόρθητη θέση).

Μακεδονικός τάφος ελληνιστικών χρόνων, κοντά στο χωριό Μεξιάτες. Την περιοχή της Φθιώτιδας κατείχαν οι Μακεδόνες, από την εποχή του Φιλίππου μέχρι την έλευση των Ρωμαίων.

Στην κορυφή του υψώματος πάνω στο οποίο είναι κτισμένη η Υπάτη, σε υψόμετρο 660 μ., βρισκόταν η ακρόπολη της πόλης, υπολείμματα της οποίας υπάρχουν μέχρι σήμερα.

Τον 2ον αιώνα π.Χ., από το 200 μέχρι το 168 π.Χ., όπου στην περιοχή επικρατούσαν οι Αιτωλοί, η Υπάτη έγινε πρωτεύουσα της Αιτωλικής Ομοσπονδίας, ενώ λίγο αργότερα, με την εμφάνιση των Ρωμαίων στην περιοχή, εντάχθηκε στην αυτοκρατορία τους, χάνοντας τα τοπικά πολιτιστικά της χαρακτηριστικά.

Ο Χριστιανισμός έφτασε πρώιμα στην περιοχή. Ήδη το 54 μ.Χ. στην Υπάτη, ιδρύθηκε επισκοπή από τον μαθητή του Αποστόλου Παύλου, Ηρωδίωνα, που μαρτύρησε για την πίστη του.
Στους Βυζαντινούς χρόνους η Υπάτη υπήρξε σημαντική πόλη της περιοχής και το κάστρο της επισκευάστηκε.

Μάχη του Σπερχειού Μικρογραφία από τη "Σύνοψη Ιστοριών" του Ιωάννου Σκυλίτζη. Ο στρατός του στρατηγού Νικηφόρου Ουρανού κατανικά τους Βουλγάρους του Σαμουήλ στον ποταμό Σπερχειό. (Μαδρίτη Εθνική Βιβλιοθήκη). Από εκδόσεις Περισκόπιο «Βασίλειος Βουλγαροκτόνος» Γύρω στα 1000μ.Χ το αδύνατο Βυζαντινό κράτος αδυνατούσε να προστατεύσει τις απομακρυσμένες από την Κωνσταντινούπολη περιοχές της επικράτειας του. Οι Βούλγαροι ξεχύθηκαν στην Ελλάδα καταστρέφοντας και λεηλατώντας τα πάντα στο πέρασμα τους. Ο Σαμουήλ κατάφορτος από λάφυρα επέστρεφε στη Βουλγαρία όταν το 997μ.Χ συναντήθηκε στην πεδιάδα του Σπερχειού, εκεί περίπου όπου περνά η σύγχρονη γέφυρα που ενώνει την Λαμία με την Υπάτη με τις βυζαντινές δυνάμεις. Ο Σαμουήλ στρατοπέδευσε στην νότια πλευρά του Σπερχειού από την πλευρά της Υπάτης, ενώ ο στρατηγός του Βασίλειου Β’ του Βουλγαροκτόνου, Νικηφόρος Ουρανός στρατοπέδευσε στην βόρεια όχθη του ποταμού. Οι Βούλγαροι κοιμήθηκαν ήσυχοι πιστεύοντας ότι το ποτάμι ήταν αδιάβατο. Ο Νικηφόρος όμως με το στράτευμα του, κατά τη διάρκεια της νύχτας κατάφερε να διαβεί τον ποταμό και να επιτεθεί στους ανύποπτους Βουλγάρους που υπέστησαν ολοκληρωτική καταστροφή. Ο Σαμουήλ και ο γιος του προσποιήθηκαν τους νεκρούς οπότε μέσω του σημερινού Αργυροχωρίου (Βογομίλ) και της Υπάτης ανέβηκαν στην Οίτη και από εκεί μέσω των Αιτωλικών βουνών και της Πϊνδου φτάσανε στην Ήπειρο και από εκεί στην έδρα τους την Αχρίδα. Τα Λουτρά Υπάτης και στο βάθος ο Σπερχειός. Στην περιοχή αυτή εκτυλίχθηκε η μάχη του Σπερχειού, το 997μ. Χ, μεταξύ Βυζαντινών και Βουλγάρων που κατέληξε σε καταστροφή των δεύτερων. Ο ηγεμόνας τους Σαμουήλ μόλις και κατάφερε τραυματισμένος να καταφύγει στην Αχρίδα. Η μάχη του Σπερχειού είναι η μόνη σημαντική μάχη που πραγματοποιήθηκε στο σημερινό ελληνικό έδαφος κατά τη διάρκεια των 330 χρόνων που διήρκεσε η σύγκρουση των Βυζαντινών με τους Βούλγαρους. Η εποχή του Βασιλείου Β΄ του Βουλγαροκτόνου καλύπτεται κατά κύριο λόγο από το έργο του Ιωάννη Σκυλίτζη ενός ανώτατου Βυζαντινού υπαλλήλου που συνέγραψε προς τα τέλη του 11ου αιώνα μια χρονογραφία "Σύνοψις Ιστοριών" η οποία καλύπτει την εποχή από το 811 έως το 1057. Ιδιαίτερη σημασία έχει βέβαια το τμήμα που πραγματεύεται την εποχή του Βασιλείου του Β΄. Το μεγαλύτερο τμήμα της χρονογραφίας του Σκυλίτζη αντιγράφηκε αργότερα απ΄ τον Γεώργιο Κεδρηνό. Στην "Σύνοψη Ιστοριών" του ο Σκυλίτζης χρησιμοποίησε για την εποχή του Βασιλείου Β΄ τη χαμένη μονογραφία του Θεόδωρου Σεβαστείας.

Η αναμνηστική στήλη στους Κομποτάδες για τη σύσκεψη των οπλαρχηγών Διάκο, Δυοβουνιώτη και Πανουργιά το 1821...

Μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους, το 1204 μ.Χ., στη δυτική Ελλάδα ιδρύθηκε από τον Μιχαήλ Α΄ Άγγελο τον Κομνηνό, το Δεσποτάτο της Ηπείρου, με έδρα την Άρτα, το οποίο εξουσίαζε όλη την περιοχή.

Μετά το θάνατο του Μιχαήλ Β΄ Αγγέλου Κομνηνού, το 1271 μ.Χ., οι δυο γιοι του, ο Νικηφόρος και ο Ιωάννης, ο ονομαζόμενος νόθος, μοίρασαν τις κτήσεις του Δεσποτάτου και πριν προλάβουν να καταλάβουν την Υπάτη οι Φράγκοι, ο Ιωάννης Α’ Άγγελος ίδρυσε το Δουκάτο των Νέων Πατρών, που έφτανε μέχρι τον Όλυμπο βόρεια, και τον Κορινθιακό νότια. Ονομάστηκε και Μεγαλοβλαχία, λόγω των πολλών βλάχων που κατοικούσαν στην περιοχή.

Το 1275 μ.Χ. όμως, η περιοχή έγινε μήλον της έριδος από τους Βυζαντινούς των Παλαιολόγων, οι οποίοι πολιόρκησαν την Υπάτη. Ο Ιωάννης Α΄ Άγγελος βρέθηκε πολιορκημένος με 30.000 στρατιώτες. Βλέποντας το αδιέξοδο μεταμφιέστηκε σε απλό χωριάτη, πέρασε ανάμεσα από τις γραμμές των Βυζαντινών και κατευθύνθηκε στη Θήβα, όπου ήρθε σε συμφωνία με το Γάλλο ηγεμόνα του Δουκάτου των Αθηνών, προσφέροντας την κόρη του σε γάμο με τον Γουλιέλμο Δελαρός, εάν τον βοηθούσαν να κρατήσει την Υπάτη.

Η γέφυρα του Γοργοπόταμου ανατινάχθηκε το 1942 από τις ενωμένες αντιστασιακές δυνάμεις και Άγγλους σαμποτέρ

Πράγματι, με τη βοήθεια των Φράγκων η Υπάτη έμεινε στα χέρια του Ιωάννη Αγγέλου. Οι απόγονοί του, Κωνσταντίνος και Ιωάννης Β΄, πέθαναν άκληροι και το 1318 η περιοχή πέρασε στα χέρια των Γάλλων και του Δουκάτου των Αθηνών.

Το Δεσποτάτο ονομαζόταν "Νέαι Πάτραι" από τ΄ όνομα που είχε τότε η Υπάτη. Ένα όμως χρόνο μετά, το 1319, οι Καταλανοί που κατευθύνονταν νότια λεηλατώντας και καταστρέφοντας, κατέλαβαν την περιοχή και την διοίκησαν μέχρι το 1393. Τον επόμενο αιώνα η Υπάτη άλλαξε χέρια μεταξύ Φλωρεντίνων, Βυζαντινών, Σέρβων και Οθωμανών, μέχρι το 1446, που οι Τούρκοι εγκαταστάθηκαν οριστικά στην περιοχή και ονόμασαν την Υπάτη "Πατρατζίκ", δηλαδή μικρή Πάτρα.

Η Υπάτη υπήρξε έδρα αρματολικίου των Κοντογιανναίων, που ήλεγχε όλη την περιοχή.

Το μνημείο για τους 16 Υπαταίους που εκτέλεσαν οι Γερμανοί στο Γοργοπόταμο.

Στην πλατεία των Κομποτάδων, το 1821, κάτω από τα αιωνόβια πλατάνια, που σήμερα έχουν χαρακτηρισθεί μνημεία της φύσης, συσκέφθηκαν οι οπλαρχηγοί Δυοβουνιώτης, Διάκος και Πανουργιάς, για το πως θ’ αντιμετωπίζανε τις τουρκικές ορδές που φτάνανε στην περιοχή, προκειμένου να κατευθυνθούν στη νότια Ελλάδα και να καταπνίξουν την ελληνική επανάσταση.

Μετά την απελευθέρωση η Υπάτη υπήρξε στρατιωτικός σταθμός. Το κτίριο των στρατώνων αυτής της περιόδου, φιλοξενεί σήμερα το βυζαντινό μουσείο.

Κατά την Οθωνική περίοδο η Υπάτη πρωτοστάτησε, το 1848, σε αντιοθωνικές εκδηλώσεις με αποτέλεσμα να καταστραφεί από τα βαυαρικά στρατεύματα.

Κατά τη διάρκεια της Γερμανικής κατοχής, μετά την ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοπόταμου, οι Γερμανοί, σε αντίποινα, εκτέλεσαν 3 άτομα από το χωριό Καστέλλια και 16 από την Υπάτη και έκαψαν την πόλη.