Η περιοχή περιλαμβάνει σειρά από λίμνες που βρίσκονται κοντά στη θάλασσα καθώς και τις εκβολές των ποταμών Κόσυνθου, Κομψάτου και Φιλιούρη. Η μεγαλύτερη από τις λίμνες, η Βιστονίδα, έχει υφάλμυρο και γλυκό νερό και τροφοδοτείται από τους ποταμούς Κόσυνθο, Κομψάτο και Τράβο, ενώ η λίμνη Ισμαρίς (παλαιότερα Μητρικού) από τον Φιλιούρη. Οι λιμνοθάλασσες Βάλτου, Έλους, Πτελέας, Αλυκής, Καρατζά, Ξηρολίμνης, Λάφρης-Λαφρούδας και Πόρτο-Λάγους είναι αλμυρές. Οι Μέση, Λάφρη και Λαφρούδα, έχουν αλυκές (Νέα Κεσσάνη). Υπάρχουν επίσης διάφοροι βιότοποι. Στα βόρεια της περιοχής εκτείνεται η οροσειρά της Ροδόπης. Αλλουβιακές αποθέσεις σχηματίζουν το δέλτα των ποταμών Κόσυνθου και Κομψάτου. Κατά μήκος των ποταμών σχηματίζονται επίσης μικρά υγροτοπικά συστήματα.