Η περιοχή περιλαμβάνει σειρά από λίμνες που βρίσκονται κοντά στη θάλασσα. Η μεγαλύτερη από αυτές, η Βιστονίδα, έχει υφάλμυρο και γλυκό νερό και τροφοδοτείται από τους ποταμούς Κόσυνθο, Κομψάτο και Τράβο. Οι λιμνοθάλασσες Μητρικού, Βάλτου, Έλους, Πτελέας, Αλυκής, Καρατζά, Ξηρολίμνης, Λάφρης-Λαφρούδας και Πόρτο-Λάγους είναι αλμυρές. Οι Μέση, Λάφρη και Λαφρούδα, έχουν αλυκές (Νέα Κεσσάνη).Υπάρχουν επίσης διάφοροι βιότοποι: μεγάλοι καλαμώνες, θαμνώνες με αρμυρίκια (οι μεγαλύτεροι στην Ελλάδα), αλμυρά έλη, αμμοθίνες, λόφοι με μακκί και λόφοι του Τεταρτογενούς που περιβάλλουν την περιοχή και ακόμη αγροτικές καλλιέργειες, που εκτείνονται κοντά στις πεδινές εκτάσεις των υγροτόπων.